The Very Best of Atari Inside

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07201030305800 1Info Molekül 3DVersion 3.42 208.09.1987- # -(C) by ERPEH F0110030 9[....................................................]011 üëMoleküle3DInfoVersion3.42 Ç AufderDiskettemußderOrdner"MOLEKUEL"mitfolgendenDateien vorhandensein: -MOLEKUEL.PRG(enthältdasProgramm) -MOLEKUEL.RSC(zugehörigesResourcefile) -MOLEKUEL.DAT(enthältdasProgrammlogo) -RADIEN.DAT(enthältAtom-,Ionen-undv.d.Waals-Radien) -FARBEN.DAT(enthälteineGrafikfürdieFarbabstimmung) -RGB.DAT(enthältDatenfürdieFarbabstimmung) NützlichsindnochdieFiles: -DEMO.KOO(Demo-FilefürKoordinaten) -DEMO.BIN(Demo-FilefürBindungen) -DEMOx.PI2(DemografikfürhoheAuflösung) -DEMOx.PI1(DemografikfürmittlereAuflösung)  -MOPAC.DKI(DefinitionfürInputvonKoordinatenfürMNDO) -MOPAC.DZO(DefinitionfürOutputderZ-MatrixfürMNDO) -INFO.DOC(DiesesInfoals1ST-Word-File) -INFO.ASC(DiesesInfoalsText-File)  FürdieDarstellungderMolekülesindzweierleiInformationen notwendig: -AtomsymbolundX,YundZ-Koordinaten -VerbindungslistederAtome Eskönnenbiszu256Atomkoordinatenund256Bindungendefiniert werden.DieAnzahlderBilderfüreineBildfolgehängtvomfreien Speicherab.DervorhandeneSpeicherwirdvomProgrammfestge⑨ stelltunddiedarausresultierendemaximaleAnzahlanBildern ermittelt.ProBildwerdenca.19kBRAMbenötigt.Beieinem Speichervon1MBmitTOSimROMkönnenetwa30Bilderabgelegt werden. DasProgrammarbeitetinderëhohenundmittlerenÇAuflösungund istaufallenST's(260,520,1040undMEGAST)mitTOSimROM lauffähig! ë ëInhaltsverzeichnis: Ç ê0Programmstart Ç 0.1Allgemeines 0.2Kurzanleitung  ê1DatenÇ 1.1Koordinateneditieren 1.2Bindungeneditieren 1.3Koordinaten/Bindungenspeichern 1.4Koordinaten/Bindungenladen 1.5Koordinaten/Bindungenlöschen 1.6Koordinaten/Bindungenmischen 1.7Bindungengenerieren 1.8Radieneditieren 1.9Radienspeichern 1.10ZumDesktop ê2Z-MatrixÇ 2.1Z-Matrixeditieren 2.2Z-Matrixladen 2.3Z-Matrixmischen 2.4Z-Matrixspeichern 2.5Z-Matrixdrucken 2.6Koordinatenberechnen ê3Input/Outputë Ç3.1KoordinatenInput 3.1.1DefinitiondesInputs 3.1.2KoordinatenInputdurchführen 3.1.3MOPAC-Datenladen 3.2Z-MatrixInput/Output 3.2.1DefinitiondesInputs/Outputs 3.2.2Input/Outputdurchführen 3.2.3Input/OutputderZ-MatrixfürMOPACë Ç 3.3DateninkartesischeKoordinatenumwandeln 3.4Molekül-Editorladen/starten(nochnichtimplementiert) ê4GrafikÇ 4.1Berechnenë Ç4.2Zeigen 4.3Invertierenë Ç4.4Hardcopy 4.5Bildformatfestlegen 4.6Laden 4.7Speichern 4.8Parameterdrucken 4.9Hintergrundladen 4.10Hintergrundlöschen ê5FarbenÇ 5.1RGB-Werteeinstellen 5.2RGB-Werteladen/speichern ê6ExtrasÇ 6.1Dateilöschen 6.2NeuenOrdneranlegen 6.3ASCII-Dateianzeigen 6.4Uhrzeit/Datumanzeigen 6.5Uhrzeit/Datumeinstellen 6.6Bildschirmrestaurieren ê7Menue2/GrafikberechnenÇ 7.1Parameterdialogbox  7.1.1Rotation 7.1.1.1RotationumUrsprungs/aktuelleAchse 7.1.1.2RotationumX-,Y-oderZ-Achse 7.1.2Projektion 7.1.3Radius 7.1.3.1StickandBall 7.1.3.2Kugeln 7.1.4Zeichne 7.1.4.1Bindungen 7.1,4.2Achsen 7.1.4.3Atomsymbol 7.1.4.4Atomnummer 7.1.5Bilder 7.1.5.1Einzelbild/Bildfolge 7.1.5.2Bildgröße 7.1.5.3FarbigesStereobild 7.1.6Maßstab 7.1.7Modus 7.2Ausschnittspeichern 7.3EinstellungdernumerischenParameter 7.3.1Bilder 7.3.2Drehwinkel 7.3.3DrehungumX/Y 7.3.4VerschiebeinX/Y 7.3.5AtominKoordinatenursprungë Ç7.3.6GrößeinPixeln 7.3.7Abstand 7.3.8Einheit 7.3.9StereobildDifferenzë Ç7.3.10ZeigeBild 7.3.11Geschwindigkeit 7.3.12Start 7.3.13ZumMenue1 ê8FehlerimProgramm ë0Programmstart Ç ë0.1Allgemeines Ç NachdemÖffnendesOrdners"MOLEKUEL"wirddasProgrammdurch Doppelklickauf"MOLEKUEL.PRG"gestartet.SolltenvomProgramm benötigteProgrammteilenichtimOrdnervorhandensein,bricht dasProgrammmiteinerentsprechendenMeldungabundkehrtzum Desktopzurück.ImanderenFallerhältmannachDrückeneiner MaustasteeineMenuezeile,aufdiewiegewohntzugegriffenwerden kann.ImunterenTeildesBildschirmsbefindensichInformationen überimSpeicherbefindlicheDaten.Außerdemwirdderfreie SpeicheraufderDisketteimArbeitslaufwerkangezeigt.Arbeits⑨ laufwerkistzunächstdasLaufwerk,vondemdasProgrammgestar⑨ tetwordenist.SolldasArbeitslaufwerkgewechseltwerden,kann diesdurchAnklickenderPfeilelinksbzw.rechtsvonder Laufwerksbezeichnunggeschehen.Grundsätzlichsind-zumindest fürdasBetriebssystemdesRechners-dieLaufwerkeA:undB: vorhanden.WirdbeinureinemtatsächlichangeschlossenemLauf⑨ werkB:angewählt,fordertdasSystemzumWechselderDiskette auf.AufalleanderenLaufwerke(RAM-Disk,Hard-Disketc.)kann dagegennurzugegriffenwerden,wenndieseauchangemeldetsind. DieAngabeüberdenfreienSpeicheraufeinerDiskettewirdnur dannautomatischaktualisiert,wenneinschreibenderDisketten⑨ zugriffstattgefundenhat.EineAktualisierung,z.B.nach Diskettenwechsel,kanndurchAnklickenaufdasFeld"Freier 9[....................................................]011 Speicher"erzwungenwerden.DieAngabeüberdieRAM-Belegungwird nuraktualisiert,wenndasentsprechendeFeldangeklicktwird. ë0.2KurzanleitungÇ WählenSiezunächstdenMenuepunkt"DATEN"unddortdenPunkt "KOORDINATENLADEN"an.InderFileselectboxnundenOrdner "MOLEKUEL"durchAnklickenöffnenunddieDatei"DEMO.KOO" anwählen.IstderLadevorgangbeendet,erneutdenMenuepunkt "DATEN"unddortdenPunkt"BINDUNGENLADEN"anwählen.Als DefaultistjetztdieDatei"DEMO.BIN"vorgegeben,dienach Anklickendes"OK"-FeldesoderdurchDrückenderRETURN-Taste geladenwird.JetztkannderMenuepunkt"GRAFIK-BERECHNEN" angewähltwerden.KlicktmannundesFeld"START"an,wirddas Moleküldargestellt. ë 1Daten 1.1Koordinateneditieren Ç DieEingabederKoordinatenerfolgtnachAnklickendesMenue⑨ punkts"KOORDINATENEDITIEREN".Mangelangtdadurchineinen Editor,derdieDateneingabeermöglicht.InderSpalte"Art"kann dasAtomsymboleingegebenwerden,indenSpaltenX,YundZdie Koordinaten.ZurEingabebewegtmandenMauszeigeraufdie gewünschteSpalteundZeileunddrücktdanndielinkeMaustaste. DerMauszeigerverschwindetunddieEingabekannerfolgen.Wird siemit"RETURN"beendet,springtdieEingabemarkeeineZeile nachuntenundermöglichtdienächsteEingabe.MitderTaste "Undo"kannderInhaltdesFeldesgelöschtwerden.MitdenTasten CursorrechtsundCursorlinkskannmansichimFeldbewegen, ohnedieszuverändern.Mit"Insert"kanneinZeicheneingefügt, mit"Backspace"dagegengelöschtwerden.MitderCursornach untenTastekanndasnächste,rechtsvomCursorliegendeFeld Çerreichtwerden.MitCursornachobenerreichtmandaslinksvom CursorliegendeFeld.SolldieserVorgangbeendetwerden,soist die"ESC"-Tastezudrücken.DerMauszeigerwirdwiedersichtbar undmankannnuneinanderesFeldaufdemBildschirmanklicken. DiePfeilenachobenbzw.nachuntenbewirkeneinScrollingin dieangegebeneRichtung.DereinzelnePfeilbewirkteinScrolling umeineZeile,derDoppelpfeilum15Zeilen.InderZeile "Molekül"kannderNamedesMolekülseingetragenwerden.Die AnzahlderAtomekanndurchAnklickendesentsprechendenFeldes verändertwerden.ÜberdesFeld"Menue"kommtmanzumHauptmenue zurück.  ë1.2Bindungeneditieren ÇDieserMenuepunktermöglichtdieEingabebzw.Änderungder Bindungsliste.DieEingabeerfolgtanalogwieunter"Koordinaten editieren"beschrieben.NachderEingabeeinesAtom-Paareswird angezeigt,umwasfüreineBindungessichhandelt(z.B.C-C). AußerdemwirddieBindungslängeberechnetundausgegeben.Manhat somitdieMöglichkeit,seineEingabeaufRichtigkeitzuüberprü⑨ fenundggf.einezulangeoderzukurzeBindungzufinden. Außerdemwirdüberprüft,obdieangegebenenAtomeüberhaupt vorhandensind.Solltenz.B.37Atomkoordinatendefiniertsein undmangibteineBindungzwischenAtom34und38an,sowird diesalsBindungzwischen"34+0"angezeigt.Esistdaher notwendig,ëvorÇderEingabederBindungendieAtomkoordinatenzu ladenodereinzugeben. ë1.3Koordinaten/Bindungenspeichern ÇNacherfolgterEingabesolltendieDatengespeichertwerden.Dazu sinddiePunkte"KOORDINATENSPEICHERN"bzw."BINDUNGENSPEI⑨ CHERN"anzuwählen.FürdieKoordinatensolltederDateinamemit demBezeichner".KOO"bzw.fürdieBindungenmitdemBezeichner ".BIN"enden. ë1.4Koordinaten/Bindungenladen ÇHierzusinddiePunkte"KOORDINATENLADEN"bzw."BINDUNGENLADEN" anzuwählen.FürdieKoordinatenistderDateinamemitdem Bezeichner".KOO"bzw.fürdieBindungenmitdemBezeichner ".BIN"voreingestellt. ë1.5Koordinaten/Bindungenlöschen ÇDurchAnwahldiesesPunkteswerdenalleKoordinatenundBindungen imSpeichergelöscht. ë1.6Koordinaten/Bindungenmischen ÇDieserMenuepunktführtzurVereinigungzweierDateien.Sollen zumBeispielzweiMolekülemiteinanderaufdemBildschirm verglichenwerden,sokannmandiesfolgendermaßenerreichen: zuerstwerdendieKoordinatenunddanachdieBindungendesersten Molekülsmit"Koordinatenladen"und"BindungenLaden"inden Speichergebracht.DanachwerdendieKoordinatendeszweiten Molekülsmit"Koordinatenmischen"geladen.Dadurchwirddie zweiteAtomlisteandieersteangehängt.Abschließendwirddie zweiteBindungslistemit"Bindungenmischen"geladen.Eskönnen sovieleMoleküle"gemischt"werdenwieSpeicherplätzevorhanden Çsind(Maximalwertesieheoben).Esistaberunbedingtdaraufzu achten,daßimmerêwechselweiseÇKoordinatenundBindungen "gemischt"werden!EinAnhängeneinerBindungslistenachMischen einerZ-Matrixistnichtmöglich! ë 1.7Bindungengenerieren Ç SofernKoordinatennebstzugehörigenAtomsymbolenvorhandensind, könnendieBindungengeneriertwerden.EineBindungwird angenommen,wenndieSummederAtomradienetwademAbstand derbeidenAtomeentspricht.SolltenunsinnigeBindungengezogen wordensein,sokönnendieseunter"Bindungeneditieren"gelöscht werden.FehlendeBindungenkönnendortauchergänztwerden. ë 1.8Radieneditieren ÇMangelangtineinenEditor(Beschreibungsieheunter "KOORDINATENEDITIEREN"),dereserlaubt,dievorhandeneListe derRadienzuerweiternbzw.zuverändern.DasElementsymbol"CA" stehtfürKohlenstoffinaromatischenRingen."CM"stehtfür KohlenstoffinMethyl-bzw.Methylengruppen.DieseUnterscheidung istnurbeivanderWaals-RadienvonBedeutung.AlleRadiensind inEinheitendesKoordinatensystemsanzugeben(i.A.Angström). ë1.9Radienspeichern Ç ZumSpeichernmußsichdieDiskettemitdemOrdner"MOLEKUEL"im Arbeitslaufwerkbefinden,dadieSpeicherungimmerindasFile "RADIEN.DAT"imOrdner"MOLEKUEL"erfolgt.IstderOrdnernicht vorhanden,sowirdFehlerNummer-34(Pfadnamenichtgefunden!) ausgegeben.DieseDateiwirdautomatischvomProgrammzuBeginn geladen,dasieallenotwendigenDatenfürdieDarstellungder Radienenthält.EntsprechendsorgfältigsolltedieseDateige⑨ pflegtwerden! ë 1.10ZumDesktop Ç BeendetdasProgrammundkehrtzumDesktopzurück.SindDaten editiertabernochnichtabgespeichertworden,soerscheinteine entsprechendeWarnung. ë2Z_Matrix Ç DieZ-MatrixermöglichteinevereinfachteEingabederGeometrie. DieseRoutineentstammtausdemMNDO-ProgrammvonM.J.S.Dewarin derMOPAC-Version2.0(QCPE464). FürjedesAtomsindsiebenWerteanzugeben.DerersteWertgibt dieOrdnungszahldesbetrachtetenAtomsIan.Derzweitedieser WertegibtdenAbstanddesAtomsIzueinembereitsdefinierten AtomNAan.DerdrittegibtdenWinkelan,dendasbetrachtete AtomImitzweibereitsdefiniertenAtomenNAundNBbildet.Der vierteWertdefiniertdenWinkel,umdendasbereitsdefinierte AtomNCimUhrzeigersinnumdieAchsegedrehtwerdenmuß,dievon zweidefiniertenAtomenNAundNBfestgelegtwird.Dabeiblickt manvonNBinRichtungNAunddrehtAtomNC.DieWertefünfbis siebenlegenjeweilsdieAtomeNA,NBundNCfest.Fürdieersten dreiAtomegiltfolgendeRegelung:dasersteAtomliegtimmerim Koordinatenursprung.AtomzweiliegtaufdempositivenAstderX- Achse.AtomdreiliegtinderX-Y-Ebene. ÇEinBeispielzurVerdeutlichung:dieGeometriedesEthylenssoll definiertwerden.HierbeiliegenallesechsAtomeineinerEbene. H(4)H(3) .. .. C(1)====C(2) .. .. H(5)H(6) AtomOZAbstandBindungswinkelFlächenwinkel INA-INB-NA-INC-NB-NA-INANBNC ë Ç160.000üÇ0.0000.000000 261.3400.0000.000100ë Ç311.090121.2000.000210 411.090121.2000.000123 511.090121.200180.000123 611.090121.2000.000215 Atom1stellteinKohlenstoffatomdar(OZ=Ordnungszahl=6).Alle übrigensechsWertedeserstenAtomsmüssendenWert0haben. Atom2istwiederumeinKohlenstoff,dasvonAtom1(=NA)den Abstandvon1.34Angströmhat.DieweiterenvierWertesind wiederum0. Atom3isteinWasserstoff.EshatvonAtom2(NA)denAbstand von1.09AngströmundbildetmitdenAtomen1(NB)und2(NA) einenWinkelvon121.2Grad.DiebeidenübrigenWertemüssen0 sein. Atom4istwiederumeinWasserstoff.Esist1.09Angströmvon Atom1entferntundbildetmitdenAtomen1(NA)und2(NB)einen Winkelvon121.2Grad.BlicktmannunvonAtom2(NB)inRichtung Atom1(NA),somußmanAtom3(NC)umeinenWinkelvon0Grad drehen,umdenWasserstoffIzuerreichen. Atom5istebenfallseinWasserstoffatom.Esist1.09AvonAtom 1entferntundbildetmitdenAtomen2und1einenWinkelvon 121.2Grad.BlicktmannunvonAtom2nachAtom1,somußman Atom3um180GradimUhrzeigersinndrehen,umAtom5zu erreichen. Atom6schließlichistebenfallseinWasserstoff.Esist1.09A vonAtom2entferntundbildetmitdenAtomen2und1einen Winkelvon121.2Grad.Manerreichtes,wennmanvonAtom1in RichtungAtom2blicktundAtom5um0Graddreht. BeiRingstrukturenistesnichtsinnvoll,sichvoneinemRingatom zumnächstenzu"hangeln".EsgibtdieMöglichkeit,"Dummy-Atome" zudefinieren,diederVereinfachungdienen.Solche"Atome" werdendurchdieOrdnungszahl99gekennzeichnetundwerdenbei dergrafischenDarstellungnichtberücksichtigt.Dazufolgendes Beispiel: Ç C(4) .. .. C(5)C(3) .. .. .. .. C(6)C(2) .. .. C(1)  ë ÇEsistwenigsinnvoll,sichvonAtomC(1)entlangdesRingesbis nachC(6)vorzutasten.Besseristes,imfolgendenBeispiel: C(10) ... ... C(9)........99(7).......C(8) ... ... ... ... C(5)........99(4).......C(6) ... ... .. 99(2).......C(1) . . 99(3)  MannutztdieSymmetriedesMolekülsbeiderDefinitionausund brauchtdannnurnochdieFlächenwinkelzuvertauschen.Wichtig dabeiist,daßmannichtdreiAtome,dieaufeinerGeraden liegen,benutzt,umeinAtomzudefinieren.C(10)kannz.B.nicht durchdieAtome1,4und7definiertwerden. WennmanStrukturelementeaufbaut,umdieseanandereMoleküle anzuhängen,solltedasersteAtomeinKohlenstoffsein.Die nächstenbeidensolltenDummy-Atomesein,Manhatdanngewisser⑨ maßeneinenHebel,denmanbenutzenkann,umdenRestdes MolekülsumeineBindungzudrehen(s.Beispieloben). WeiterekommentierteBeispielefindetmanin"AHandbookof computationalChemistry",TimClark,WileyInterscience,1985. ë2.1Z-Matrixeditieren ÇHatmandieMatrixeingegebenodergeladen,sobrauchtderEditor zurBerechnungderKoordinatennichtextraverlassenzuwerden. DurchDrückenderrechtenMaustastewirddieBerechnungder Koordinatengestartet.WerdendieFelderrechtsvondenSpalten fürBindungswinkelbzw.Diederwinkelangeklickt,sokönnendiese WerteinderanschließendenDarstellunginkrementiertwerden.Man kanndiesausnutzen,umz.B.eineRotationeinesRestesumeine Bindungdarzustellen.(Z.B.dieMatrix"DEMO2.ZMX"laden, Koordinatenerrechnenlassen,Diederwinkel21und29durch ÇAnklickenmarkieren,Bindungenladen,"Grafikberechnen"anwäh⑨ len,unterParameter"Bildfolge"und"Winkel"anklickenunddie Berechnungstarten.DiePhenylresterotierennunumdieBindun⑨ gen.) ë 2.2Z-Matrixladen ÇEinegespeicherteZ-Matrixkannwiedereingeladenwerden.Als Bezeichnerist".ZMX"voreingestellt. ë2.3Z-Matrixmischen ÇDieserMenue-Punktkannerstangewähltwerden,wennmindestens vierAtomederZ-Matrixdefiniertsind.BeimMischenwirdein êvorhandenesÇAtomdurchdasersteAtomderzuladendenMolekül⑨ gruppeersetzt.DieübrigenAtomewerdeninderListehinten angehängt. Beispiel:20Atomesindbereitsdefiniert.Atom9sollersetzt werden.DieneueMolekülgruppebestehtaus7Atomen: AtomOZAbstandBindungswinkelFlächenwinkel INA-INB-NA-INC-NB-NA-INANBNC 1.................... . . 9..(AB).............. . . 20.................... 21......(W1)(W2)..(N1)(N2) 22..........(W3)....(N3) 23.................... 24.................... 25.................... 26.................... DieWerte,diealsPunktedargestelltsind(..)werden übernommen.DieWertefürW1,W2undW3bzw.fürN1,N2undN3 müssenvonHandersetztwerdenoderkönnenvomProgrammgesucht werden.FolgendeParametersindaußerdemüberdieDialogboxzu definieren: ë2.3.1ErsetzendeAtom Ç HierwirddieNummerdesAtoms,welchesersetztwerdensoll, festgelegt.IstdasangegebeneAtomnichtvorhanden,wird dieBoxerneutaufgebaut. ë2.3.2AbstandzumBezugsatom ÇHierkanndieneueBindungslänge(AB)angegebenwerden.Wirdhier derWertNulleingesetzt,wirddieBindungslängedeszuersetzen⑨ denAtomsübernommen. ë2.3.3Mindestabstand Ç DadieerstenWertederZ-MatrixNullsind(s.o.),istzunächst dieVerknüpfungsvorschriftundefiniert.DaherwirdvomProgramm einemöglicheGeometriegesucht.Dazuwerdendieentsprechenden Werte(einBindungswinkelW1,zweiFlächenwinkelW2undW3) solangeinkrementiert,bisdergewählteMindestabstandzwischen denAtomennichtmehrunterschrittenwird.DieSuchekanndurch längeresDrückenderrechtenMaustasteabgebrochenwerden.Dies solltenichtênichtÇgeschehen,bevordieMeldung"Summeder Bindungslängen...."erscheint. ë 2.3.4ZeigegefundeneGeometrie ÇEinegefundendeGeometriewirdautomatischangezeigt.Klicktman mitderlinkenMaustasteauf"ZumMenue1",wirddieSuche fortgesetzt.VerwendetmandagegendierechteMaustaste,wirddie Sucheabgebrochen. ë2.3.5SummeBindungswinkel Ç Legtfest,objedegefundeneGeometrie,diedieMindestabstands⑨ bedingungerfüllt,angezeigtwird.Anderenfallswerdennurdie Geometrienangezeigt,beidenendieSummederAtomabstände jeweilsgrößeristalsdievorhergehende. ë2.3.6DrehwinkelfürAbstandstest Ç DieserWinkellegtfest,umwievielGraddieobengenanntendrei Winkelinkrementiertwerden.DabeilaufenzweiWinkelvon0bis 360Grad,einervomDrehwinkelbis360Grad.BeieinemWinkelvon 90GradmußdieZ-Matrix5*5*4=100malberechnetwerden. AnschließendmüssennochalleAbständederAtomeuntereinander überprüftwerden.BeigroßenMatrizenführenkleineInkrement⑨ wertezurechtlangenRechenzeiten! Esistnichtzuempfehlen,durchbloßeRumprobierereiversuchen zuwollen,halbwegssinnvolleStrukturenzufinden.Mansollte sichdieGeometriebesservorheraufzeichnenunddienoch fehlendensechsParametervonHandfestlegen.I.A.hatmanam AnfangSchwierigkeitenbeiderWahldesDiederwinkels.Mankann sichhierwiefolgthelfen:denWinkeldurchKlickenaufdemFeld rechtsvomZahlenwertmarkieren,Koordinatenberechnenlassen, Bindungengenerieren,"Grafikberechnen"anwählen.Unter "Parameter""Bildfolge"und"Winkel"selektierenunddanndas Moleküldarstellenlassen.DerneueingeführteRestsolltenunum dieBindungsachserotieren.DieRotationmitderrechten Maustastestoppenundmit"ZeigeBild"dieGeometriesuchen,die Sinnergibt.DerzugehörigeDiederwinkelbeträgtdann:  ZeigeBildNr*Drehwinkel/Bild+DiederwinkelderZ-Matrix SolltederWertgrößerals360sein,ist360vomWinkelzu subtrahieren. ë 2.4Z-Matrixspeichern ÇNachEingabesolltedieMatrixgespeichertwerden.AlsBezeichner sollte".ZMX"verwendetwerden. ë2.5Z-Matrixdrucken ÇWereineerstellteZ-MatrixalsEingabevorlagefüreineRechnung aufeinemanderenComputerbenötigtundkeineMöglichkeithat, dieDatenüberdieRS-232-CSchnittstelleauszutauschen,kann sichdieDatenmitdiesemMenuepunktausdruckenlassen. ë2.6Koordinatenberechnen ÇAuseinervorhandenenZ-MatrixwerdendiekartesischenAtomkoor⑨ dinatenerrechnet.DieerrechnetenKoordinatenwerdenindie Koordinatenlisteübernommenundkönnenanschließendwiegewohnt editiertwerden.BeiderBerechnungwirdauchüberprüft,obdie Atomekorrektdefiniertwordensind.DieFehlermeldung"Geometrie falschdefiniert"trittdannauf,wennaufeinAtomBezug genommenwird,welchesnochnichtdefiniertwordenist.Eine weitereFehlermeldungwirdausgegeben,wenndreiAtome,dieauf odernahezuaufeinerGeradenliegen,zurDefinitioneinesAtoms benutztwerden.EineWarnungerscheint,wennderAbstandzwischen zweiAtomenkleinerals0.8Angströmist. ë 3Input/Output 3.1KoordinatenInput Ç DadieAtomkoordinateni.A.ausRechnungenvonGroßrechnern stammen,sollteman,fallsdieMöglichkeitbesteht,dieDaten zwischenGroßrechnerunddemAtariSTüberdieRS-232-CSchnitt⑨ stelleaustauschen,umsichdasfehlerträchtigeEintippender Koordinatenzuersparen.FürgängigeRechenverfahrenwerden fertigeEinleseroutinenzurVerfügunggestellt.Weiterekönnen selbsterstelltwerden. ë3.1.1DefinitiondesInputs Ç DieDefinitioneigenerEinlesevorschriftenfürdieKoordinaten istdannmöglich,wennjeweilsproAtomdieInformationenüber dasAtomunddieKoordinatenineinerZeileuntergebrachtwerden können.HierzuisteinEditorzuverwenden,deresermöglicht, TexteimASCII-Formatabzuspeichern.Diesistz.B.mit1st-Word (Plus)möglich,wennmandenWP-Modeabschaltet.DieDatei,die dieEinlesevorschriftenthält,sollteuntereinemDateinamenmit derEndung".DKI"(für"DefinitionKoordinatenInput")abgespei⑨ chertwerden. JedeZeilemußmitzweiSchrägstrichen"//"beginnen.Fürdie DefinitionsindverschiedeneSchlüsselwörtervorgesehen,die jeweilsineinerneuenZeileindenSpalten3-6stehenmüssen. DemSchlüsselwortmußeinGleichheitszeichenfolgen.Folgende Wortewerdenalsgültigerkannt: FILE=NAME=KOMM=DATA=ENDE= "FILE="legtfest,wiedieEndungdesDateinamenslautet,diebei derDurchführungdesInputsverwendetwerdensoll.DieLängemuß dreiZeichenbetragen.Beispiele: //FILE=MND(fürMNDO-Dateien) //FILE=G80(fürGauss-80Dateien) Ç"NAME="legtfest,obdieersteZeiledesDatenfilesals Molekülnameübernommenwerdensollodernicht. //NAME=0(ersteZeile=DatenoderKommentar) //NAME=1(ersteZeile=Molekülname) "KOMM="legtfest,obZeilenalsKommentarzeilenüberlesenwerden sollen. //KOMM=C(AlleZeilen,diemit"C"beginnen,werden überlesen.) "DATA="legtfest,wiedieDatenineinerZeileaufgebautsind. Dabeisteht"S"fürdasAtomsymbolbzw.fürdieOrdnungszahl.X, YundZstehenfürdieentsprechendenKoordinaten.Beispiel: //DATA=SSXXXXXXXXXXYYYYYYYYYYZZZZZZZZZZ IndiesemBeispielbefindetsichdasAtomsymbolindenSpalten2 und3,derX-WertindenSpalten6-15,derY-WertindenSpalten 19-28undderZ-WertindenSpalten32-41. "ENDE="legtdieEndmarkierungimentsprechendenDatenfilefest. //ENDE=/* EskönnenKommentarzeileneingefügtwerden.Diesemüssenmit "//*"beginnen.DasDefinitionsfileselbermußmit"//"beendet werden. EinvollständigesBeispiel: //*-------------------------------------------------------------- //*DefinitioneinesTestfiles //*-------------------------------------------------------------- //FILE=MND //NAME=1 //DATA=SSXXXXXXXXXXYYYYYYYYYYZZZZZZZZZZ //ENDE=/* //ë 3.1.2KoordinatenInputdurchführen ÇDieserPunktkannerstangewähltwerden,wenndieentsprechende DefinitionderEinlesevorschrifterfolgreichdurchgeführtworden ist.DieeingelesenenDatenkönnenanschließendwiegewohnt weiterverwendetwerden. ë 3.1.3MOPAC-Datenladen Ç FürdieDatenauseinersolchenRechnungliegteineentsprechende Definitionsfileunter"MOPAC.DKI"aufDiskettevor.Solleine DateimitAtomkoordinatenauseinerMNDO-Rechnunggeladenwerden, somußdieseDateifolgendenAufbauhaben: Zeile1Spalte1-80:NamedesMoleküls(Kommentar) Zeile2-nSymbolundKoordinatendesAtoms,wobeigilt: Spalte16-17:AtomsymboloderOrdnungszahlbis20 ÇSpalte21-30:X-Koordinate Spalte31-40:Y-Koordinate Spalte41-50:Z-Koordinate Zeilen+1Spalte1-2:/* DasFormatderZeilen2bisnentsprichtdemAusgabeformatdes MOPAC-ProgrammsinderVersion2.00.DieZeilen1bzw.n+1sind vorher"vonHand"zuergänzen. ë3.2Z-MatrixInput/Output ÇEinemitdiesemProgrammerstellteZ-MatrixkanninderArt abgespeichertwerden,dievoneinemanderemProgrammwiederals Eingabe-Filegelesenwerdenkann. ë 3.2.1DefinitiondesInputs/Outputs ÇImwesentlichengeltendieunter"KoordinatenInput"gemachten AussagenentsprechendfürdenInput/OutputderZ-Matrix.Die Datei,diedieAusgabevorschriftenthält,sollteuntereinem DateinamenmitderEndung".DZO"(für"DefinitionZ-Matrix Output")bzw.".DZI"(fürdenInput)abgespeichertwerden. FolgendeSchlüsselwortesindbekannt: FILE=NAME=DATA=ENDE= "FILE="legtdenExtenderfürdenDateinamenfürdieEin/Ausgabe fest.Z.B.: //FILE=MNX "NAME="legtfest,obderNamedesMolekülsmitgela⑨ den/abgespeichertwerdensoll.Z.B. //NAME=0 //NAME=1 "DATA="legtfest,inwelcherReihenfolgeundinwelchemFormat dieDatengeladen/abgespeichertwerdensollen.Dabeihabendiezu verwendendenBuchstabenfolgendeBedeutung: S=Atomnummer(Ordnungszahl) L=AbstandvomAtom(Bindungslänge) W=Winkel,dendreiAtomebilden F=Flächenwinkel(Diederwinkel) A=NA B=NB C=NC EinmöglichesBeispiel: //DATA=SSSLLLLL.LLLLL0WWWWW.WWWWW0FFFFF.FFFFF0AAABBBCCC DerDezimalpunktwirdbeiderAusgabederWertefürL,WundF mitberücksichtigt.AlleanderenZeichenalsdiegenanntensieben werdenunverändertwiedermitausgegeben.DieNullnachL,Wund Fsignalisiertz.B.einennichtzuoptimierendenWertfürdie MNDO-Rechnung. Ç"//ENDE="legtdieDatenendmarkierungbeimLadenfestbzw.ob eineMarlierungbeimSpeichernausgegebenwerdensoll. ë3.2.2Input/Outputdurchführen Ç DieserPunktkannerstangewähltwerden,wenndieentsprechende DefinitionderVorschrifterfolgreichdurchgeführtwordenist bzw.wennfürdieAusgabeeineZ-Matrixvorhandenist. ë3.2.3Input/OutputderZ-MatrixfürMOPAC Ç FürdieEingabebzw.AusgabederMatrixfüreinesolcheRechnung liegteineentsprechendeDefinitionsfileunter"MOPAC.DZO"bzw. "MOPAC.DZI"aufDiskettevor.DadieEingabebeiMOPACformatfrei erfolgt,stellendievorhandenenFileslediglichmögliche Beispieledar. ë 3.3DateninkartesischeKoordinatenumwandeln Ç UmauchDatenausRöntgenstrukturanalysenverarbeitenzukönnen, bestehtdieMöglichkeit,solcheDatenumzuwandeln.Dazusinddie Koordinatenwiegewohnteinzugeben.NachAnwahldiesesMenuepunk⑨ teskönnendiespezifischenZellparameter(Kantenlängenund Winkel)definiertwerden.AußerdembestehtdieMöglichkeit,das Atomzubestimmen,welchesimKoordinatenursprungliegensoll. DieUmwandlungsroutinestammtvonReinholdStörmann. ë 3.4Molekül-Editorladenundstarten Ç DieserPunktistnochnichtimplementiert,daderMoleküleditor nochnichtverfügbarist. ë4Grafik Ç ë4.1Berechnen Ç DurchdiesenMenuepunkterhältmaneineweitereMenueleiste.Die BeschreibungdieserFunktionenfindetmanunter"Menue2" ë4.2Zeigen Ç ZeigtdieletzteunterëBerechnenÇangezeigteoderzuletztgeladene Grafik. ë4.3Invertieren Ç InvertiertdieletzteunterëBerechnenÇangezeigteoderzuletzt geladeneGrafik. ë4.4Hardcopy ÇErzeugteineHardcopyderzuletztangezeigtenGrafik.Dazuwird dieHardcopyroutinedesBetriebsystemsbenutzt,dieallerdings 24-Nadel-Drucker(NECP6u.ä.)nurungenügendunterstützt.Bei VerwendungeinessolchenDruckersmußvorhereinentsprechender Druckertreibergeladenwerden.DieHardcopymußdanndurch DrückenderTastenkombination"ALTERNATE"+"HELP"erzeugtwer⑨ den. ë4.5Bildformatfestlegen Ç Legtfest,inwelchemFormateineGrafikgespeichertwerdensoll. ZurAuswahlstehendasFormatohnejeglicheFarbinformationen, DEGASundDOODLE. ë 4.6Laden ÇLädteinezuvorabgespeicherteGrafikwiederein. ë 4.7Speichern Ç SpeichertdieletzteunterBerechnenangezeigteGrafikals Gesamtgrafikbildschirmab.DieBilderkönnenmitentsprechenden Grafikprogrammenwiedergeladenundweiterbearbeitetwerden.Bei GrafikenmittlererAuflösungwerdendieFarbinformationenim DEGAS-Formatmitabgespeichert.EineWeiterbearbeitungvonGrafi⑨ kenohneFarbinformationenistz.B.mit"PAINTER.ST"vonData Beckerodermit"DOODLE"möglich. ë 4.8Parameterdrucken ÇDieunterdemPunkt"GrafikBerechnen"eingestelltenParameter könnenzuDokumentationszweckenunterdiesemMenue-Punktausge⑨ drucktwerden. ë4.9Hintergrundladen ÇDergeladeneHintergrundwirdbeiderBerechnungderGrafikals Hintergrundbenutzt.Mankanndiesausnutzen,wennmanz.B.ein bereitsdargestelltesMolekülmiteinemanderenvergleichenwill oderwennmanbeiderDarstellungvon"Kugeln"(s.u.)ebenfalls einenschwarzenHintergrundbenutzenwill.AlsQualifierfürden Suchpfadist".PI1"bzw.".PI2"voreingestellt. ë 4.10Hintergrundlöschen ÇEinzuvorgeladenerHintergrundwirdgelöschtundwirdbei weiterenBerechnungenderGrafiknichtweiterverwendet. ë5Farben Ç DieserMenue-PunktkannnurbeimittlererAuflösungangewählt werden. ë5.1RGB-Werteeinstellen Ç ÜberdiesenMenue-PunktkönnendieFarbwertefürdieRot/Grün- DarstellunganeinevorhandeneRot/Grün-Brilleangepaßtwerden. Dazuwird-sofernvorhanden-die3D-Darstellung"FARBEN.DAT" geladen.DieRot-,Grün-undBlauanteilekönnenvariiertwerden. ë5.2RGB-Werteladen/speichern Ç EingestellteRGB-Wertekönnenwiedergeladenbzw.gespeichert werden. ë ë6.Extras 6.1Dateilöschen ÇNichtmehrbenötigteDateienkönnenunterdiesemMenuepunkt gelöschtwerden.Dieskannmanchmalnötigsein,wennderaufder DiskettenochvorhandenefreiePlatzzumAbspeichernderDaten nichtmehrausreicht.DasFormatiereneinerneuenDisketteist ausdemProgrammherausënichtÇmöglich(außermanhatein Accessory,mitdemdiesmöglichist,mitgebootet)! ë 6.2NeuenOrdneranlegen 6.3ASCIIDateianzeigen ÇDieserMenuepunktermöglichtes,denInhalteinerASCII-Dateiauf demBildschirmaufzulisten.DerListvorgangkanndurchdrücken von"Q"vorzeitigbeendetwerden. ë6.4Uhrzeit/Datumanzeigen ÇWenndieAnzeigevonDatumundUhrzeiteinebereitsvorhandene mitlaufendeUhrstört,kannsiehiermitausundwiedereinge⑨ schaltetwerden. ë6.5Uhrzeit/Datumeinstellen ÇDabeimAbspeichernvonDatenauchimmerDatumundUhrzeitmit abgespeichertwerden,istessinnvoll,dasaktuelleDatumunddie Uhrzeiteinzustellen,soferndieinterneUhrnichtsowiesoschon gepuffertist. ë6.6Bildschirmrestaurieren Ç SollteeinmalnachVerlasseneinesAccessorieseinweisserFleck aufdemBildschirmzurückbleiben,sokanndiealteBildschirm⑨ maskedurchAnwählendiesesPunkteswiederhergestelltwerden. DieseFunktionwirktsowohlaufMenue1alsauchaufMenue2. ë 7Menue2/GrafikBerechnen Ç ManerhälteineneueMenue-Zeile,unterderalleParameterfür dieDarstellungdesMolekülsfestgelegtwerdenkönnen.Dieser Menuepunktkannerstangewähltwerden,wennKoordinatenvorhanden sind(ladenodereingebenoderüberdieZ-Matrixberechnen).Es erscheintdanneinFeldfürdieAusgabederGrafik(ca.2/3des Bildschirms)undeinFeld,überdasverschiedenenumerische Parametereingestelltwerdenkönnen. ë7.1Parameterdialogbox Ç ë7.1.1Rotation 7.1.1.1RotationumUrsprungs-/aktuelleAchse Ç BeiderRotationumdieUrsprungsachsenwirddasMolekülumdie X,YoderZ-Achsegedreht.DieseAchsenliegenhorizontalbzw. vertikalimBeobachtungsraum.BeiderRotationumdieaktuelle AchsewirddiegewählteVerdrehungderX-bzw.Y-Achse(siehe unten)berücksichtigt.AlsDefaultistdieRotationumdie ÇUrsprungsachsevoreingestellt. ë 7.1.1.2RotationumdieX,YoderZ-Achse ÇLegtfest,umwelchederdreiAchsengedrehtwerdensoll. Default:X-Achse. ë 7.1.2Projektion Ç BeisenkrechterProjektionwirddasMolekülohneVerzerrungen dargestellt.BeiperspektivischerProjektionwerdenObjektenahe amBetrachterstärkerverzerrtdargestelltalsObjekte,die weiterentferntsind(vergl.ëAbstandÇ).Default:senkrechtePro⑨ jektion. ë 7.1.3Radius Ç Legtfest,obundwelcherRadiusamEndpunkteinerBindung dargestelltwerdensoll(nurbeisenkrechterProjektion).Werden dieRadiendargestellt,solltemanvorher"BINDUNGENZEICHNEN" desaktivieren.Default:keinRadius. ë7.1.3.1StickandBall ÇStelltdasMolekülinFormvonKreisenmiteinemRadiusvonetwa 1/3desAtomradiusdar.DieBindungenwerdendreimalstärkerals gewöhnlichgezeichnet. ë7.1.3.2Kugeln Ç StelltdasMolekülinFormvon"glänzendenKugeln"oder "gepunktetenKugeln"dar.BeidererstenDarstellungsartwirdein weisserHintergrundbenutzt,umbeieinerHardcopydasFarbband desDruckersnichtzusehrzubelasten.SolldasMolekülauf schwarzemHintergrunddargestelltwerden,somußdieservorher geladenwerden(s.o.). ë 7.1.4Zeichne 7.1.4.1Bindungen Ç Legtfest,obdieBindungenmiteingezeichnetwerdensollenoder nicht.Default:einzeichnen,soferneineBindungslistevorhanden ist. ë 7.1.4.2Achsen Ç Legtfest,obdieAchsendesKoordinatensystemsmiteingezeichnet werdensollenodernicht.Default:nichteinzeichnen. ë 7.1.4.3Atomsymbol Ç Legtfest,obdasAtomsymbolmitausgegebenwerdensoll(nurbei senkrechterProjektion,nurwennRadiennichtdargestelltwer⑨ den!).Default:keinAtomsymbol. ë 7.1.4.4Atomnummer ÇGibtdieNummerdesAtomsgemäßderEingabetabelleaus(nurbei senkrechterProjektion,nurwennRadiennichtdargestelltwer⑨ Çden).Default:keineAtomnummer. ë 7.1.5Bilder 7.1.5.1Einzelbild/Bildfolge ÇBei"Einzelbild"wirdnureinMoleküldargestellt.Beider BildfolgewirddasMolekülumdiedurchëRotationÇfestgelegte Achsegedreht(vergl.auchëAnzahlderBilderÇundëWinkelÇ). Default:Einzelbild. ë7.1.5.2Bildgröße ÇMit1/1BildwirddiegesamtezurVerfügungstehendeFlächefür dieDarstellungbenutzt.Bei4/4BildernwerdenvierBilder erzeugt,dieumjeweils90GradinX-,inY-bzw.inX-undY- Richtunggegeneinanderverdrehtsind.Default:1/1Bild. ë7.1.5.3FarbigesStereobild Ç DieserMenue-PunktkannnurbeimittlererAuflösungangewählt werden.EswerdenzweiBildergezeichnet,dieumdenunterPunkt 7.3.7festgelegtenWinkelgegeneinanderversetztsind.MitHilfe einerRot/Grün-BrilleerhältmaneineräumlicheDarstellung (gegebenenfallsRGB-AnteileandievorhandeneBrilleanpassen, siehe5.1!).Stereobilderwerdenimmernurim1/1Bild-Modus dargestellt.EssollteaufdieDarstellungderRadienverzichtet werden. ë 7.1.6Maßstab ÇLegtfest,obdieGrößederDarstellungautomatischodermanuell bestimmtwerdensoll.Default:automatisch. ë 7.1.7Modus ÇLegtfest,obdasMolekülumdieAchserotierensoll,oderobin derZ-MatrixmarkierteWinkelinkrementiertwerdensollen. ë7.2Ausschnittspeichern Ç DieserPunktdientzumSpeicherneinesAusschnittsauseinem Molekül.DieerzeugteGrafiksollteimselbenOrdnerabgelegt werden,indemsichauchdiezugehörigeZ-Matrixbefindet.Wird unter"Z-Matrixmischen"eineZ-Matrixgeladen,sowirddie zugehörigeGrafikmitangezeigt.MansolltedenGrafikaussschnitt sowählen,daßdieerstenAtomedesMolekülsmitenthaltensind. AusserdemsolltennurBindungenmitAtomsymbolundAtomnummer (s.u.)dargestelltundgespeichertwerden.AnhandderAtomnum⑨ mernkannmansichdannbeimMischenderMatrixbeiderAngabe derVerknüpfungsparameterorientieren. Die(monochromen)gespeichertenAusschnittekönnenmit"MONO-STAR (plus)"alsObjektewiedergeladenwerden. ë 7.3EinstellungdernumerischenParameter ÇDienumerischenWertekönnendurchAnklickendeszugehörigen Pfeilsnachlinksverringert,durchdenPfeilnachrechtserhöht werden.DrücktmandabeidielinkeMaustaste,erfolgtdie ÄnderunginEiner-Schritten.Drücktmandagegendierechte ÇMaustaste,erfolgtdieÄnderunginZehner-Schritten. ë7.3.1Bilder ÇGibtdieAnzahlderBilderan,diebeieinerBildfolgeberechnet werdensollen.DerMaximalwertistabhängigvomvorhandenen freienSpeicher.DieAnzahlderBilderbestimmtdenDrehwinkel. DerDefaultwertentsprichtdemMaximalwert,sofernernicht größerals35ist. ë7.3.2Drehwinkel Ç Gibtan,umwievielGraddasMolekülbeieinerBildfolge weitergedrehtwird.DerMinimalwertistabhängigvomvorhandenen freienSpeicher.DerDrehwinkelbestimmtdieAnzahlderBilder. DerDefaultwertentsprichtdemkleinstmöglichenDrehwinkel, sofernernichtkleinerals10Gradist.ë 7.3.3DrehungumX/Y ÇLegtfest,umwievielGraddasMolekülimRaumgedrehtdarge⑨ stelltwerdensoll.Defaultwertjeweils0. ë7.3.4VerschiebunginX/Y Ç Legtfest,umwievielPixeldasMolekülindergewähltenRichtung verschobenwerdensoll. ë7.3.5AtominKoordinatenursprung Ç Legtfest,welchesAtomimKoordinatenursprungliegensoll.  ë7.3.6GrößeinPixeln Ç LegtdiehalbeGrößederGrafikinPixelnfest.Wirktauch,wenn derMaßstabautomatischberechnetwird.Defaultwertist150. ë7.3.7Abstand Ç BestimmtdenAbstanddesBetrachtersvomObjekt(nurbeiperspek⑨ tivischerProjektion).Defaultwertist16. ë7.3.8Einheit ÇLegtfest,wievielePixeleinerEinheitimKoordinatensystem entsprechen.EineÄnderungdiesesWerteswirktsichnuraus,wenn dieBestimmungdesMaßstabsmanuellerfolgt.Defaultwertist40. ë7.3.9StereobildDifferenz ÇLegtfest,umwievielGradsichdiebeidenStereobildervoneinan⑨ derunterscheiden.DieAngabeerfolgtin1/10Grad.Defaultwert: 25entsprechend2.5Grad. ë7.3.10ZeigeBild Ç ErmöglichtdasbildweiseWeiterschaltenderBildfolge,sofern zuvoreineBildfolgeberechnetwordenist. ë7.3.11Geschwindigkeit ë ÇVerändertdieDrehgeschwingkeiteinesMolekülsineinerBild⑨ folge.Defaultwertist16(Maximum). ë7.3.12Start Ç StartetdieBerechnungdesMolekülsbzw.zeigteinebereits berechneteBildfolge.AlleVorgängewieBerechnenoderZeigen könnendurchDrückenderërechtenÇMaustastebeendetwerden. ë7.3.13ZumMenue Ç KehrtzumHauptmenuezurück. ë8FehlerimProgramm Ç FolgenderFehleristbekannt,konnteaberbishernichtbeseitigt werden: KlicktmanAccessoriesan,sohinterlassendiesenachdem Schließeni.A.einenweissenFleckaufdemBildschirm.Abhilfe: Menuepunkt"Bildschirmrestaurieren"anklicken. SolltedasProgrammnichteinwandfreiarbeiten,soachtenSieauf folgendePunkte: -nurunbedingtnotwendigeAccessoriesmitbooten! -beimMEGASTnursolcheRAM-Disksverwenden,dieauchwirklich dieeingestellteGrößeanmeldenundverwaltenkönnen!EinigeRAM- DisksrufenhöchstseltsameEffektehervor,wennsiez.B.auf2 MBeingerichtetwordensind!